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新疆生产建设兵团科技进步二等奖“中国美利奴羊基因组MHC区段基因组成与结构”成果简介
 
发布人:肖守德  发布时间:2017-11-28   浏览次数:156

    围绕新疆军垦型细毛羊20号染色体MHC基因临近区段相关位点的研究,构建了中国特有的地方培育品种新疆军垦型细毛羊基因组BAC文库,对所选取的分子标记使用了所构建的2倍基因组文库PCR筛选系统进行了阳性克隆的筛选,并对相关位点进行了PCR产物的扩增、序列测定和同源性对比。中国美利奴绵羊MHC区段基因组测序与基因注释。共对26BAC克隆的相应Shotgun文库测了约8成数据,平均覆盖度为7-9倍,共进行了591560次测序反应,有73945个读长(Reads)参与序列叠加。绵羊MHC区段全长,绵羊MHC区段的基因组跨度为2434721bp,分为两个不连续部分,跨度分别为2071179bp363542bp。整个绵羊MHC区段的GC含量为47.1%,低于人类MHC区段的49.8%GC含量,但高于人类基因组平均41%GC含量,预示绵羊MHC区段GC含量也高于基因组其他区段,从碱基分析层面说明此区段为基因富集区域。利用BGFGenScanFgeneSH三种预测软件进行了蛋白编码基因的预测,我们共测了177个蛋白编码基因,145个基因是绵羊中没有克隆其他物种的同源基因,在这177个基因中,已知基因131个,36个预测基因,还有10个新基因,其中8个为绵羊特有的新基因,至今在其他物种中没有发现同源物。同时我们根据Rfam数据库比对分析结果,预测了18microRNAs

    第一完成人:高剑峰教授